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計算科学のためのHPC技術1

未刊・予約受付中
下司雅章 編/片桐孝洋,中田真秀,渡辺宙志,山本有作,吉井範行,Jaewoon Jung,杉田有治,石村和也,大石進一,関根晃太,森倉悠介,黒田久泰 著
A5判 300ページ 並製
定価3600円+税
ISBN978-4-87259-586-4 C3004
奥付の初版発行年月:2017年03月

内容紹介
目次
著者略歴

内容紹介

本書は姉妹本である『計算科学のためのHPC 技術2』(大阪大学出版会) と比べてより一般的で基礎的な内容となっている.日々進歩する計算機の世界の,特にハイパフォーマンスコンピューティング(High Performance Computing:HPC)において,「京」で培った技術はアプリケーションの高速化技術として長く役立つ要素がいくつもあるに違いなく,全ての分野の研究者や学生に役立つであろう.
 

目次

まえがき
執筆者一覧

第1章プログラムの高速化
1.1 計算機アーキテクチャの構成方式の動向
1.2 高速化に当たり考慮すべき計算機構成
1.3 高速化技法
1.4 数値計算ライブラリの利用

第2 章MPI の基礎
2.1 並列プログラミングの基礎
2.2 基本的なMPI 関数

第3 章OpenMP の基礎
3.1 OpenMP とは
3.2 OpenMP 実行モデル
3.3 プログラミング上の注意
3.4 高速化技法としてのファーストタッチ
3.5 GPGPU への展開

第4 章ハイブリッド並列化技法
4.1 概要
4.2 想定される計算機アーキテクチャ
4.3 実行例
4.4 ピュアMPI 実行のプログラム開発の基礎
4.5 ハイブリッドMPI 実行のプログラム開発の基礎
4.6 ハイブリッドMPI 並列化時の注意事項

第5 章プログラム高速化の応用
5.1 性能チューニング総論
5.2 性能プロファイリング
5.3 ループ変換実例とその効果
5.4 通信最適化の方法
5.5 ソフトウェア自動チューニングの適用
5.6 自動並列化コンパイラの注意

第6 章線形代数演算ライブラリBLAS とLAPACK の基礎と実践
6.1 線形代数の重要性
6.2 ライブラリ利用の重要性
6.3 BLAS, LAPACK の紹介
6.4 Ubuntu 16.04 でBLAS, LAPACK を実際に使ってみる
6.5 最適化BLAS, LAPACK の利用と, その結果の解析
6.6 まとめ

第7 章高速化チューニングとその関連技術
7.1 高速化や並列化, その前に
7.2 バグを入れないコーディング
7.3 地雷型バグのデバッグ法
7.4 プロファイラの使い方
7.5 実装による高速化の個別事例
7.6 終わりに

第8 章行列計算における高速アルゴリズム
8.1 エクサフロップスマシンのハードウェア特性
8.2 大規模並列アプリケーションにおける要求の変化
8.3 線形計算アルゴリズムの課題
8.4 線形計算アルゴリズムの研究動向
8.5 まとめ

第9 章古典分子動力学法の高速化
9.1 古典分子動力学シミュレーション
9.2 静電相互作用の高速化
9.3 Multiple Time Step を用いた高速化
9.4 拘束動力学
9.5 生体分子系の古典MD 計算の高速化
9.6 GENESIS の最適化と並列化

第10 章量子化学計算の大規模化
10.1 分子科学分野の計算機環境
10.2 量子化学計算の概要
10.3 近似の導入
10.4 高速化
10.5 並列化
10.6 高速化・並列化事例
10.7 新たな量子化学計算プログラムの開発
10.8 まとめ

第11 章計算精度に関する技術
11.1 大規模数値計算における精度保証
11.2 並列処理における収束精度問題
11.3 多倍長精度計算, 高精度計算

索引 

著者略歴

下司雅章(ゲシマサアキ)
大阪大学ナノサイエンスデザイン教育研究センター 特任准教授
専門は, 第一原理計算, 物質設計, 高圧物性. 金沢大学大学院数理情報科学専攻修了. 博士(理学). National Research Council of Canada 研究員, 東京大学大学院工学系研究科研究員, 大阪大学大学院基礎工学研究科研究員,助手, 助教を経て, 大阪大学ナノサイエンスデザイン教育研究センター特任講師を経て現在に至る.

片桐孝洋(カタギリ タカヒロ)
(第1―5章担当)
名古屋大学情報基盤センター

中田真秀(ナカタ マホ)
(第6章、第11章担当)
理化学研究所情報基盤センター

渡辺宙志(ワタナベ ヒロシ)
(第7章担当)
東京大学物性研究所

山本有作(ヤマモト ユウサク)
(第8章担当)
電気通信大学大学院情報理工学研究科

吉井範行(ヨシイ ノリユキ)
(第9章担当)
名古屋大学大学院工学研究科附属計算科学携教育研究センター

Jaewoon Jung(ジョン ジェウン)
(第9章担当)
理学研究所 計算科学研究機構

杉田有治(スギタ ユウジ)
(第9章担当)
理学研究所 計算科学研究機構

石村和也(イシムラ カズヤ)
(第10章担当)
自然科学研究機構分子科学研究所

大石進一(オオイシ シンイチ)
(第11章担当)
早稲田大学基幹理工学部

関根晃太(セキネ コウタ)
(第11章担当)
早稲田大学基幹理工学部

森倉悠介(モリクラ ユウスケ)
(第11章担当)
早稲田大学基幹理工学部

黒田久泰(クロダ ヒサヤス)
(第11章担当)
愛媛大学大学院理工学研究科

(上記内容は本書刊行時のものです。)